قدرت آغاز شده بود ! بازگشت مجدد به ايران زمان زيادى از پيروزى غرور آفرين مجاهدين و ورود آنها به كابل نگذشته بود كه جنگهاى داخلى و خانمانسوز بين حزب اتحاد سياف و حزب وحدت شهيد عبدالعلى مزارى از يكسو و گلبدين حكمتيار و احمدشاه مسعود و دولت ، از سوى ديگر شرائط را براى اجرا و هرگونه فعاليت علمى ، فرهنگى و اجتماعى تنگ كرده و كشور در مرحلهء گذار سختى قرار مىگيرد . مرحله‌اى كه اقوام و مذاهب براى به رسميت رساندن و تحكيم قدرت خويش ، فقط راه جنگ را انتخاب كرده بودند . ايشان به ناچار دوباره با چشم‌هاى اشك بار كابل را ترك مىكند . حجت‌الاسلام والمسلمين استاد محمد امين براتى در سال 1371 شمسى ، دوباره به ايران آمده و اين بار در شهر مقدس قم رحل اقامت مىافكند ، ادامهء دروس را پىگرفته ، با اشتياق تمام اوّلين سال را در محضر آيت اللّه پايانى و آيت اللّه اعتمادى تلمذ نمود . در دوّمين سال در دروس خارج فقه و اصول بزرگانى چون آيت اللّه العظمى وحيد خراسانى ، آيت اللّه العظمى حاج ميرزا جواد آقا تبريزى و علامه عبداللّه جوادى آملى شركت نمود . روند حضور ايشان در دروس مراجع و بزرگان حوزهء علميهء قم ده سال به طول انجاميد و در اين مدت در دروس آيات عظام : منتظرى ، سيد محمد روحانى ، و آيت اللّه بهجت و آيت اللّه شيخ فاضل لنكرانى و علّامه جعفرى و آيت اللّه مصباح بطور متفرّق از يك سال تا چند ماه و يا كمتر شركت نمود . وى علاوه بر شركت در دروس حوزه ، مطالعه كتب روان شناسى را كه در حوزهء علميهء مشهد مقدس آغاز كرده بود در شهر مقدس قم با شركت در دروس دكتر آل اسحاق با موفقيت به پايان برده و نيز لسانس فلسفه را به صورت غير حضورى در مؤسسه عالى امام خمينى ( ره ) اخذ نمود . ايشان اين دوره را طلايى ترين دورهء عمر خود شمرده و آن را برگ زرّين